Mikroskopi so razvrščeni po principu mikroskopije in jih lahko razdelimo na polarizacijsko mikroskopijo, optično mikroskopijo, elektronsko mikroskopijo in digitalno mikroskopijo.
1. Polarizacijski mikroskop je vrsta mikroskopa, ki se uporablja v raziskovalnih inštitutih za prozorne in neprozorne anizotropne materiale in ima pomembne aplikacije v znanosti in inženirstvu, kot je geologija.
2. Optični mikroskopi so običajno sestavljeni iz optičnih delov, svetlobnih delov in mehanskih delov. Optični mikroskop lahko poveča predmet 1600-krat, z najmanjšo omejitvijo ločljivosti 0,1 mikrometra.
3. Elektronski mikroskopi imajo osnovne strukturne značilnosti, podobne optičnim mikroskopom, vendar imajo veliko večjo povečavo in ločljivost predmetov, pri čemer uporabljajo pretok elektronov kot nov vir svetlobe za slikanje predmetov.
4. Prenosni mikroskopi so v glavnem razširitev serije digitalnih mikroskopov in video mikroskopov, ki so se razvili v zadnjih letih
