
Stereo mikroskopi se pogosto uporabljajo pri makroskopskem opazovanju.

Stereo-fluorescenca: dodani dodatki za fluorescenco na podlagi vzporedne svetlobe
Stereo mikroskop, znan tudi kot "disecirajući mikroskop" ali "entitetni mikroskop", je vizualni instrument, ki zagotavlja pokončne stereoskopske slike.
Široko se uporablja v biologiji, medicini, kmetijstvu in gozdarstvu, industriji in morski biologiji. Njegove glavne značilnosti so naslednje:
Ø Dva svetlobna žarka v binokularni cevi nista vzporedna in tvorita določen vključeni kot (imenovan tudi stereo kot, običajno 12 stopinj – 15 stopinj), ki ustvarja tridimenzionalno stereoskopsko sliko.
Ø Ustvari pokončne slike, primerne za uporabo in disekcijo. To dosežemo s prizmami pod okularji, ki obrnejo sliko.
Ø Čeprav je njegova povečava manjša od povečave običajnih mikroskopov, zagotavlja veliko delovno razdaljo.
Ø Odlikuje ga velika globina fokusa, kar olajša opazovanje celotne plasti preiskovanega vzorca.
Ø Ima velik premer vidnega polja za širok obseg opazovanja.
Trenutna optična struktura stereo mikroskopa je naslednja: skupni primarni objektiv tvori sliko predmeta. Dva svetlobna žarka po slikanju sta ločena z dvema nizoma vmesnih objektivov in zoom leč, da tvorita stereo kot, nato pa sta posneta skozi njuna okularja. Njegovo spreminjanje povečave se doseže s prilagajanjem razdalje med vmesnimi skupinami leč, zato je znan tudi kot "stereo mikroskop z neprekinjenim zoomom".






